fix: 32bit tick timer based on TC0 and TC1 (#653)

TC1 counts the number of TC0 overflows (carry bits).
In random conditions TC1 would return or stay at zero,
instead of counting up. This due to the behavior of the
reset signal.

SAM7S Series Datasheet, 33.5.6 Trigger:
Regardless of the trigger used, it will be taken into account
at the following active edge of the selected clock. This means
that the counter value can be read differently from zero just
after a trigger, especially when a low frequency signal is
selected as the clock.

The new code first prepares TC1 and asserts TC1 trigger and
then prepares TC0 and asserts TC0 trigger. The TC0 start-up
will reset TC1.

Bootrom version fix + .gitignore (#645)

* Fix bootrom Makefile

* Add armsrc/fpga_version_info.c to .gitignore

fix option comments to be more clear

Separate WITH_LF and WITH_LF_StandAlone

mod hw version: (#631)

* create fpga version info at compile time (by additional functionality in fpgacompress)
* remove hw version caching (prepare USB reconnect)
* fix calculation of available compressed bytes in fpga_loader.c

allow common makefile options-defines (#635)

Merge pull request #638 from grauerfuchs/master

fix truncation issue on "lf t55 config d"

fix truncation issue on "lf t55 config" modulation

Fix for issue #637

Adds `lf hid pack` and `lf hid unpack` offline commands. (#614)

* These are used to pack and unpack the bit length, facility code and card number from "short" HID Prox IDs.
* This also simplifies some repeated code that is used to parse hex digits in lfhid, and adds basic client-side validation to the `lf hid clone` and `lf hid sim` commands, for when an ID that is too long is entered.
* Implements parity checks/calculation for 26-bit H10301 cards.
* Adds links to useful resources for HID Prox cards.
* Adds an explicit warning about the lack of parities on non-26-bit cards.
* Changes all the examples to use 26-bit IDs that have a parity bit set.

save 2.3K flash-memory by avoiding a single floating point operation (#630)

Fix Gcc 8 warnings (#632)

fix: array index out of range in mfkeys.log (thanks to @TomHarkness)

Allow disabling unlink() with -DNO_UNLINK. (#625)

Ignore DS_Store (#620)

Prevent further commits containing DS_Store files

Code cleanup (#616)

* coverity fixes (including a real bug in cmdhftopaz.c)
* Typo fix
* replace TRUE/FALSE by stdbool true/false

Fixes a double-free issue in CloseProxmark: (#617)

- CloseProxmark now clears global state.

- CloseProxmark now checks for a non-null serial_port before calling uart_close, to avoid unintentional double-free'ing serial_port.

- main now calls CloseProxmark once.

USB comms: part 4 towards @micolous PR #463

* make uart_communication(), storeCommand() and getCommand() static in comms.c
* move receiver thread creation and respective mutexes to comms.c
* add mutex and signal for tx buffer
* use comms.c for flasher as well
* remove comm functions from client/proxmark3.h
* this completes isolating all USB communication related functions in comms.c
* don't assume a port to be defined by a name. Change parameter in OpenProxmark() to void*
* comms.c: set sp and serial_port_name to NULL when offline

Delete .DS_Store (#613)

Mac hidden file accidentally merged in PR #593.

Added mifarePlus.lua script for communication with Mifare Plus. (#593)

Personalize MifarePlus EV1 cards

fix gui (plot) bugs (#604)

G keypress event would cause a crash if no data
Q keypress didn't work.

Thanks to @iceman1001 for identifying and providing the fixes.

fix HitagS simulation erors (issue #605) (#606)

rework of GetFromBigBuf() (#597)

* this should fix crashes reported in issue #497
* don't allow receiver thread to write directly into arbitrary main thread's memory
* instead use cmdBuffer[] for CMD_DOWNLOADED_RAW_ADC_SAMPLES_125K as well
* add timeout and warning options to GetFromBigBuf(), same as in WaitForResponseTimeoutW()
* move GetFromBigBuf() from data.c to comms.c
* remove data.c and data.h

Merge pull request #600 from marshmellow42/master

more graceful exit to lf search if no signal found

more graceful exit to lf search if no signal found

Update CHANGELOG.md

Change driver file proxmark3.inf to support both old and new Vendor/Product IDs

(see http://www.proxmark.org/forum/viewtopic.php?pid=32072#p32072)

fix bug if -DWITH_ISO14443a_StandAlone is removed from makefile (#598)

USB comms: part 3 towards @micolous PR#463

* change variable 'sp' from global to static
* move code to open and close USB port to comms.c (OpenProxmark() and CloseProxmark())
* change scope of USBCommandReceived() to static
* (flasher still unchanged)

USB comms: part 2 towards @micolous PR#463 (#595)

* change variable 'offline' from global to static
* change variable 'FlushAfterWrite' from global to static
* remove unused global variable 'current_command'
* WaitForResponseTimeoutW(CMD_UNKNOWN, ...) waits for any command
* #include "printf.h" or <stdio.h> in iso15693tools.c to define sprintf()
* and some minor changes/comments

Fix for swapped parity when using lf_bulk_program.lua (#591)

USB comm: prepare for @micolous change (PR#463) (#587)

* move communication related code from proxmark3.c and cmdmain.c to new file comms.c
* replace byte_t by uint8_t in uart_posix.c and uart_win32.c
* move OpenProxmark() and CloseProxmark() from flasher.c to flash.c
* move print_lock mutex including initializer to ui.c
* minor changes in printing help texts
* no changes in comms functionality yet

add: save and load options in hf list (#577)

Fix empty key list bug in mfkeys.lua (#579)

When input key list size is greater than 85, table.concat() returns empty because the last parameter is the end offset not the increment value.

Merge pull request #589 from Proxmark/revert-588-indala-preamble-fix

Revert "Fix offset Indala UID display"

Revert "Fix offset Indala UID display"

Merge pull request #588 from megabug/indala-preamble-fix

Fix offset Indala UID display

Fix offset Indala UID display

Commit 1dae9811f22b7f2cea340cee6945cb349046129d extended the amount of
fixed bits searched for when decoding 64-bit Indala. These additional
bits come from the end of one UID, and therefore need to be skipped past
when actually retrieving the UID.

mfu read block: retry block with bad CRC (#584)

* mfu read block: retry block with bad CRC, command timeout, or unknown response.

OSX: Multiple libedit/readline fixes (#585)

* OSX: Multiple libedit/readline fixes.

Merge pull request #580 from Proxmark/iceman1001-patch-1

Update README.md

Update README.md

Added hackerwarehouse

Merge pull request #578 from Tom5ive/master

fix for swapped parity bits

fix for swapped parity bits

Merge pull request #565 from Proxcloud/usb_android

Allow non-root access on Android devices

Merge pull request #572 from merlokk/hflistms_fix

`hf list mf` fix key length in printf

small fix

small fix `hf list mf`

Merge pull request #571 from merlokk/hf_list_mf

added command `hf list mf`

Merge pull request #570 from marshmellow42/master

improve lf cmdread

update changelog

+fix a comment typo
+ move clear bigbuf after fpgadownloadandgo...

small fix and added line to changelog.

move annotate* functions

added hardnested sketch. final cleaning.

nested works

code cleaning

check parity works

added parity check of deciphered command

small fix

added cipherstream recovery

move ks to authdata

reconfigure lf cmdread ...

to use lf config settings instead of it's own settings.  (now allows
full options of lf config...)

also it will now run `data samples` when the command completes making it
not necessary to run manually...

note: adjusted client wait message as it was confusing.

added some cone in nested. not tested.

added destroy

mock of key checking

added mock of key check

hf list mf 1st auth works

small fix util.c

fix appearance

correct 1st key calculation

added get parity

small fix

combine all auth data to single struct and fill it

add bitbang option to lf cmdread

by setting delay to 0 we can use cmd binary to bitbang the antenna.

note that the timing isn't perfect (especially on the off periods) but
is fairly close. worst i've seen it off is 8us on a large off period.
but i don't have the best test equipment...

added check reader/tag

added some get auth data

moved some functions and added auth sequence annotation

added cmdhflist file

add nested auth decoding to `hf mf sniff`

Merge pull request #569 from pwpiwi/fix_WDT_crash

fix hf mf mifare (WDT crash)

make product string even length

hf mf mifare:
* prevent WDT crash on repeated tries
* comes with faster execution as side effect
* use uint8_t instead of byte_t
* populate ar instead of (correctly) assuming that it is zero
* remove the "will take a few seconds longer" message because it is no longer true

change product desc to 9 and add extra null byte

remove debug change

remove old Manufacturer description code. fix Product description length

Remove BOS descriptor, leave just manufacturer descriptor for Android

fix: hf mf mifare -   populate keylist (#568)

This will solve the long running of the attack, since all candidate keys will be tested.

Add BOS USB descriptor. This allows non-root access on Android devices

Merge pull request #560 from pwpiwi/fix_hfmfmif

fix: prevent hf mf mifare from always running twice

fix: prevent hf mf mifare from always running twice
(issue #510)

Merge pull request #558 from pwpiwi/fix_alignment

add force_align_arg_pointer attribute to all callback functions

hf mf nested: use bitwise or instead. (#556)

add force_align_arg_pointer attribute to all callback functions
* inspired by issue #404 and respective fix PR #538
* possible fix for mysterious crashes, e.g. issue #497 and http://www.proxmark.org/forum/viewtopic.php?id=5388

update license conditions in armsrc/optimized_cipher.[ch] (#554)

Merge pull request #555 from Arnie97/master

hf mf nested: transfer keys to the correct block in one sector mode.

hf mf nested: transfer keys to the correct block in one sector mode.

hf mf eset: reuse mfEmlSetMem().

Merge pull request #553 from Arnie97/master

Minor fixes

mfkeys.lua: Remove trailing whitespaces.

mfkeys.lua: Align empty cells in the table.

mfkeys.lua: Remove the user input helpers (now in lualibs/utils.lua)