Forgot some breaks,  and a faulty comparision of a set bit.

ADD: added the ETU and Frame wait time based on the Frame wait integer value.

coverity fixes for my latest changes.
Forgot some breaks in 7816 annotation, and  presco used an uninitalized char array.

syntax cleaning.

CHG: no parity tests for ISO_7816_4 annotation

CHG: enter a define for TIMEOUT

CHG: fixed the commands,  its now valid calypso 7816 commands.

CHG: testing for windows clients to get a higher baudrate. Was 9600, testing 115200 as for non_win.
CHG: testing to set USB 2.0 standard,  instead of USB1.1  ...

increased a number of calypso commands for selecting files and trying to read them

ADD; first try at reading calypso tags

ADD:  added @marshmellow42 's changes to "lfdemod"

ADD:  copied all EMV files from peter filmoores fork.  Have not started with making it work in current fork.  (a lot of work)

CHG: not sure if this clearCommandBuffer helps when sending usbpackages from lua scripts.  Having trouble with these usbpackages in 14B code.

FIX: the lua script hf_reader.lua now works with 14B tags.

code cleanup.

ADD:  well, starting with a luascript for reading calypso tags,  made me remake the 14b raw command on client and device side.  Sorry @marshmellow42 , but this one broke your "hf 14b info" implementation. I fixed the "hf 14b read" and the hf search. So not to bad, but still a bit broken.   The 14b raw device side is now very similar to 14a raw. Which is good.   There is a Standard 14b 0x050008 detection and STmicroelectronic 0x0600 detection on deviceside. This removes a lot of code client side.
I also made the SRi read functions better by combining them.   The demodulation / uart code should be the same as last summers changes.  The device side code can now be even smaller.

ADD:  @icsom changes and additions to lua scripts for LEGIC

ADD: changed the annotation for 14b, it now shows WUPB/REQB and number of slots we used.

CHG: Added the BigBuf_Clear_ext calls,  returned to Marshmellow42 's / pwpiwi 's sampledemod.  The 14B commands works again...
CHG: re-arranged the Uart, Demod structes init, reset,   in a first attempt to prepair to move them to a seperate file.

CHG:  has the order of varibles some impact? I re-arranged them to match.

CHG:  minor changes to this lua script.  One case it returns NIL,  which makes it behave better.

CHG:  moved some #define into include\common.h  (which is call by apps.h),  so we have one place for them. Also changed them to CAPITAL.
ABS(),  MIN(), MAX()

CHG:  breaking up a long line in armsrc/Makefile to make it easier for ppl to understand how to compile for different standalone modes..

CHG:  Added calling clear bigbuff to zero out it also, instead of just "free" it.
ADD:  downloading the EML part from BigBuffer specially.

CHG: Updated the README.md

@Marshmellow42 additions:
ADD: Q5 to 'LF PYRAMID'
ADD: ST sim addition to SIM ask.

REF: https://github.com/marshmellow42/proxmark3/commit/29ada8fc08807d8b279afee69862c22b71aaad8f

ADD: get a updated script from @icsom

FIX: adding a silent mode for Topaz detection.
FIX: adding a silent mode for 14B detection.

ADD:  Added the autodetection of Topaz to  "HF SEARCH"
FIX:  Fixed a minor bug in "HF SEARCH" where it always found a "14b" tag, making the command never test for other formats afterward the 14b test.
The 14b detection is not good still, conflicting return values is main reason for this bug

CHG;  a fix for "HF TUNE",  I always were annoyed with the hf tune where it printed one value per row endlessly.  So this fixes that,  it uses "\r" to print on the same row.   Works on MINGW/WINDOWS.  Havn'nt tested it on Linux yet.  But it looks good now.

ADD; added Marshmellow42 's fixes for indala and stuff.
CHG: updated the CHANGELOG.md

ADD:  Added the HitagS from @spenneb ref:https://events.ccc.de/congress/2015/Fahrplan/events/7166.html

PM3 Master PR: https://github.com/Proxmark/proxmark3/pull/167

Adjusted the ENUM names to fit in my fork.  We need a better namestandard for it.

CHG: Added @icsom 's changes to his legic.lua script.

CHG:  some minor changes to the 14b,   the read 14b lua,

CHG: a bit code clean up,
FIX: a comparison with signed vs unsigned was solved.   I'm reluctant to change this code since it is a vital piece.

DEL: Removed old comment,  after I've been compiling and testing all -W parameters in it. Didn't find any new warnings. Which is good.

FIX: Added @marshmellow42 's fix for ASK/Biphase simulation on deviceside.
CHG: Added @marshmellow42 's refactoring of "gprox-II" demod.

CHG: Updated the CHANGELOG.md

ADD:  finished of the "LF GUARD SIM" command.  needs testing.

ADD: num_to_bytebitsLSBF  function.
ADD: lf guard clone - works...  needs some checking.
ADD: added a option to "addparity" to set zero on fixed pos.

ADD:  Added three legic luascript from @iscom (Mosic)  Great work!

CHG:  better not to show the unfinished commands..

ADD:  Started to add a "LF GUARD CLONE/SIM" functionality. *not working*  all thats needed now is fixing the transformation from FacilityCode/CardNumber -> raw data for t55x7.

BUG:  smash stack in addParity call.  Didn't take in consideration that it adds bits per parity to the array..

FIX:  lets see if this fixes the pyramid clone crash on OSX

chg:  minor changes to text,  explaining current implementation for "lf pyramid clone/sim" only works for 26bits.

ADD: started to add a lua script for reading 14b tags,  will help when making scripts against iso 14443b tags.

FIX: spelling misstakes.
FIX: output of block number should be two digits for nicer layout
FIX: strange branching in the pyramid demod in cmddata.c,  it will now always print the unknown length message
FIX: another go at the coverity scan bug in proxmark3.c. (resource leak for cmd)

ADD:  "LF PYRAMID SIM"

FIX:  "LF PYRAMID CLONE" now works.

FIX:  calcs wiegand correct,  adds wiegand parity correct, adds checksum correct,  add even parity to blocks correct.
- when ran it clones nice,  the "lf search" finds a pyramid och checksom is ok.  However,  the wiegand decode is wrong.
Something about where in bitarray to put the startformat bit and wiegand bits...

FIX:  the 14b crc was called wrong in LUA.  You enter a hexstring already, and get a hexstring back.

ADD:  added some pyramid commands.  //not finished.

ADD:   Chrisfu 's most excellent homebrew file,  adjusted for my fork.   REF: https://github.com/chrisfu/homebrew-proxmark3

His notes:
 :: Install homebrew if you haven't yet already done so: http://brew.sh/

 :: Tap this repo: brew tap iceman1001/proxmark3

 :: Install Proxmark3: brew install proxmark3 for stable release or brew install --HEAD proxmark3 for latest non-stable from GitHub.

ADD:  added a simple test of known pwd algos based on uid.

ADD:  added a simple sleep function.  Thanks to Mosci

FIX:  textual fix

ADD:  added the crc8legic to Lua.  call it with core.crc8legic
      also a helper function to take a hexstring and calc the crc on it, was added inside utils.lua

   Call it inside a lua-script like this:

        local utils = require('utils')
        local data = '01020304'
local crc = utils.Crc8Legic(data)
print (uid,  ('%02x'):format(crc))

ADD:  Marshmellows fixes for "lf t55xx" and "lf cmdread"   ref: https://github.com/Proxmark/proxmark3/pull/166/files

FIX:  an extra break inside "Hf mf cgetsc" made it not read the fourth block in the sector.

CHG:  -O3  flag in the makefile.

CHG:  removing some time-debug statements.
CHG:  increased the time-out message 2sec, in proxmark,  to make "hf mf chk" work better.
CHG:  still trying to solve the "hf mf mifare" WDT_HIT bug.

With these changes,  the "hf mf chk" / "Hf mf nested" looks similar and should be a bit faster.

CHG: revert old fiddeling, I should not touch the HIDflasher.

FIX:  this free call still annoys Coverity Scan.

ADD:  Added @marshmellow42 's new ST (sequence terminator detection)

FIX: For ld (linker) there is no "-=",  so lets try re-assign ldlibs instead

CHG: textual change in README.md
FIX: Mac OSX ld (linker) warning for -L/usr/local/lib,  testing to remove it for mac builds.

FIX: Undo one of my fixes..  *sigh*  need to be more specific when / where to call free.

CHG: Updated the README.md  to be clearer.

FIX: resource leak, forgot a free

CHG: CHange the definition of MAX_GRAPH_TRACE_LEN to match eachother.
REM:  removed a include header to graph.h in ui.h.

FIX: Removed a double const

FIX:  the #define M_PI is now optional.  Moved a bunch of header invocations into the ui.h

FIX: 256 is too big for uint8_t

CHG:  testing my travis-ci configuration

CHG:  this makefile should compile on Ubuntu 1404 without problems.  The QT4-5 detection is inside MINQW detection part.

CHG: First step to make my makefile better for other dev.env's    These changes makes it look more like PM3 master version.  The extra libs are added when MINGW is detected.

chg:  ego credits....one of these days I'll remove 'em

FIX:  corrected one of my own bugs which made the calccrc8 not accept the input hexstring.

ADD: added some time debug statements to be able to measure execution time.
CHG: change the auth_ex method to send usb package faster,
REM: removed some bucketsort changes.

FIX: Coverity scan fixes,  hard to keep track of stringlengths while reading and copying in C.

FIX: cuid order...

FIX: introduced a bug in a loop by uint8_t inside crapto1.c
CHG: textual helptext change in "hf mf nested"
CHG: loop inside "nested". Still not fast enough. I wonder if qsort can be exchanged for radixsort or bucket sort?

Merge branch 'master' of https://github.com/iceman1001/proxmark3

Conflicts:
armsrc/crypto1.c

CHG: testing a prng_successor_one method

CHG:  print_hex_break now prints rownumber instead of byte position

CHG:  remove clang warning for -O4,

ADD: forgot to add the bruteforce command to the commandtable.  *experimental,  its a simple bruteforce*  *not tested*
CHG: some textual changes to helptext.

FIX: marshmellow42 's fix using memcpy instead of re-assign pointer.
Ref: https://github.com/marshmellow42/proxmark3/commit/38b3509542c4a5451a5701be0b073acbd7f79465

CHG: added timeouts for downloading values from device, to make the client more responsive.
CHG: still curious for the printf_hex_breaks method, why it behavies strange.

Updated the CHANGELOG.md

ADD: first try to implement crc-16 for Legic Advant *not working yet*  Can't verify it.

Updated the CHANGELOG.md

Updated the CHANGELOG.md with things that I've been fiddeling with.

FIX:  the port error 10 on Mac, is fixed by @marshmellow42 , a wrong string format specifier was the root cause.
ADD: some other adjustments from @marshmellow42 to the fsk demod identifier string.

CHG:  -O4  changed into -O3  to remove some compiler warnings clang, on mac ..

ADD: a print_hex_break function,
CHG: "hf legic decode" looks better.

FIX: finally I took the effort to finish the "hf mf c*" commands on device side...

CHG:  "hf legic decode"  now prints nicely.  Still a strange bug for first row..

FIX: change the "hf legid load",  to use the WaitForResponseTimeout,  instead of locking the client if device doesn't answer.
CHG: starting to fix the "hf legic decode" and printing the user segements.  *WORK IN PROGRESS*